阴茎隐隐作痛的原因比较多，主要考虑有以下两点。第一点就是包皮龟头炎。如果有包皮过长或者包茎，就容易产生包皮垢，包皮垢容易滋生细菌，从而容易诱发包皮龟头炎，就会导致阴茎和龟头部位出现红点以及隐痛的症状。第二点原因就是阴茎部位产生湿疹或者皮炎。如果和女性发生性关系，就会使阴茎受到女性分泌物的刺激，如果没有及时进行清洗，并做好下体卫生护理，就不排除导致阴茎部位产生湿疹或者皮炎的可能，这样就会导致阴茎出现隐隐作痛的症状。