肛门流脓流水，主要是到正规医疗机构明确诊断，通过药物治疗或者是进行手术的治疗。肛门流脓流水，首先是到正规医疗机构的肛肠科，通过肛门局部的望诊、肛门的指诊、肛门镜的检查进行初步的诊断。必要时可以进行直肠内的超声检查，或者是肛周的核磁共振检查。诊断明确以后，由于肛门周围的皮脂腺或者是毛囊发生了感染，可以通过抗生素药物进行对症的治疗。发生了肛管直肠间隙脓肿溃破，或者是已经形成了肛瘘，主要就是通过手术的方法进行治疗。手术以后按时进行换药，促进伤口的愈合。