肛门如果有疼痛的发生，可以使用止痛的药物口服，还可以使用止痛的药栓经直肠给药，通过肛管直肠粘膜的吸收，发挥药物的作用。发生了肛门的疼痛，还是要及早的寻找到原因进行对应的治疗，去除引起肛门疼痛的原发疾病。一般来说出现肛门疼痛比较常见的疾病有肛裂或者是痔疮发生水肿，或者是有血栓的形成。另外引起肛门疼痛比较常见的原因就是有肛周脓肿或者是直肠黏膜下脓肿的情况，可以通过肛门局部的检查来明确诊断。如果是有痔疮、肛裂可以先进行药物治疗。如果是脓肿这一类感染性的疾病，那么一般会建议手术治疗。