婴儿腹泻的药物，最好还是需要口服调节肠道菌群的药物来治疗。如口服地衣芽孢杆菌，或者是嗜酸乳杆菌，以及双歧杆菌三联活菌或者是枯草芽孢杆菌来进行调理，它可以有效的恢复肠道内正常菌群的生态平衡，从而抑制一些侵袭来的病原菌可以起到止泻的目的，另外也可以应用一些肠道的黏膜保护剂，如活性炭，或者是蒙脱石散来积极治疗，同时还可以吸附毒素或者是病原菌起到止泻的目的，但最好不要用制动胃肠道的药物治疗。