如果脑囊虫数量较多或位于重要脑功能附近，患者表现出剧烈头痛，脑功能的丧失、脑水肿、癫痫、意识障碍等严重疾病症状，可在驱虫治疗基础上进行手术治疗。如果患者临床症状较轻，同时影像学提示脑囊虫数量较少，位于非重要功脑能区域，脑囊虫无动态演变趋势，可以给予驱虫药物治疗，并观察病情变化。脑囊虫病的治疗与多种因素相关，其中以脑囊虫的数量、所处位置、患者临床症状以及患者基本身体素质为主。