绝大多数肛周脓肿是肛腺感染化脓而引起的。正常肛腺大部分位于肛门内外括约肌之间，开口位于肛隐窝，当粪便和细菌通过开口进入肛腺时，可引发肛窦炎及肛腺炎症，这些炎症可扩散到肛管直肠周围组织，形成肛周脓肿，肛管直肠周围存在各个间隙通常由脂肪组织和淋巴组织填充，组织疏松，感染时脓肿多发生在这些间隙，肛周脓肿的形成其他的病因还包括损伤、异物、直肠炎、皮肤疾病等。