慢性舌扁桃体炎主要是口服抗感染药物，例如抗菌药物和抗病毒药物。大多数情况下慢性舌扁桃体炎主要是因为细菌感染引起的，因此抗生素药物为主，可口服阿莫西林、头孢类抗生素药物治疗。如果是因为病毒感染引起的，主要是口服清热解毒的药物治疗，例如蓝芩口服液、蒲地蓝消炎口服液、金嗓利咽胶囊等。但是部分患者药物治疗不能改善症状，或者是病情反复发作，每年会发作超过五次，这种情况下一般需要做手术切除扁桃体才能够根治。