莫匹罗星软膏在临床上是可以用于毛囊炎的治疗的，特别是对于一些细菌感染而导致的毛囊炎，完全可以使用这种药物治疗。这是一种抗生素类的药膏，在临床使用上主要是促进毛囊炎的炎症消退，而且具有明确的抗感染作用。患者出现的毛囊炎，还需要适当的配合口服药物治疗的，如果毛囊炎发展的比较严重，可以口服罗红霉素或者是阿奇霉素，也可以口服多西环素或者是米诺环素等进行治疗。但是这种药膏，对于嗜酸性毛囊炎治疗可能就没有什么效果。另外对于一些真菌感染而导致的毛囊炎，也没有明显的治疗效果，有的时候可能反而导致这种毛囊炎的加重，特别是马拉色菌感染而导致的马拉色菌毛囊炎。