怀孕三个月时主要做的检查是NT检查，可以了解有无颈项透明层增厚，用于评估胎儿染色体疾病风险的高低，了解有无明显胎儿畸形，如无脑儿、开放性脊柱裂等。同时还应该进行常规孕期检查，如血常规、血型、肝肾功能、乙肝、梅毒、艾滋病、地中海贫血筛查等，以了解孕妇有无影响妊娠的慢性疾病。