临床上能够引起咳棕褐色痰的疾病有很多，主要考虑是呼吸系统相关疾病引起的可能。可能的呼吸系统相关疾病包括：急慢性咽喉炎、急慢性支气管炎、肺炎、肺气肿、肺结核、支气管扩张、肺脓肿和肺恶性肿瘤等。想要明确病因，需要进行相关检查，包括:双肺CT检查、电子喉镜检查、结核菌素实验、痰细菌培养和药敏实验、血常规、血沉、降钙素原、肺肿瘤标志物检查等。根据检查结果才可以明确病因，然后再对症治疗。