治疗主要包括病因治疗对症治疗和各种非药物治疗。要指出的是，运动神经元病是一组异质性疾病致病因素多样并且互相影响，故其治疗必须是多种方法的联合应用，期望用单个药物或单种治疗完全阻断疾病的进展是不现实的。当前病因治疗的发展方向包括抗兴奋性氨基酸毒性，营养神经因子抗氧化和自由基清除，新型钙通道阻滞剂抗细胞凋亡，治疗及神经干细胞移植，利鲁唑具有抑制谷氨酸释放的作用，能够延缓病程延长麻痹患者的生存期，也有使用泼尼松，环磷酰胺等药物治疗本病。但必须定期监测血象和肝功能，对症治疗包括针对吞咽呼吸够阴痉挛疼痛营养障碍等并发症和伴随症状的治疗，吞咽困难者应该与鼻饲饮食，有呼吸衰竭者可行气管切开病机械通气。