莲花清瘟的主要不良作用主要是胃肠道刺激作用，因为其内含有一些连翘、金银花、炒苦杏仁以及板蓝根等鱼腥草，这些药物成分都是一些清热解毒的中药成分，会对胃肠道有一定的不适影响。所以在口服时，如果没有胃肠道疾病可以空腹提高疗效，如果胃肠道本身有不适或者有消化道疾病。在吃完饭以后半小时到一小时，再进行口服。莲花清瘟胶囊，它主要用于治疗各种流行性的感冒或者其他的一些上呼吸道感染导致的热毒袭肺的症状，常常需要给予有效的治疗，以后给予患者清热解毒等对症。在患者出现感冒症状逐渐缓解后，就可以停药。