双肾囊肿的治疗通常需要根据囊肿的大小，囊肿数目来决定。对于体积小的肾脏囊肿，一般可以不予治疗，定期复查肾脏彩超就可以。对于较大的肾脏囊肿，一般可以通过手术的方法来进行治疗，常用的手术方式是腹腔镜下肾囊肿去顶减压手术。通过手术去除囊壁，将囊液抽吸干净，可以有效的治疗肾囊肿，并且可以减轻肾囊肿造成的肾皮质压迫的情况。对于多囊肾的患者，常常会出现双侧肾脏多发的囊肿，要进行定期的肾功能检测以及肾脏囊肿的彩超检查。如果囊肿体积较大，可以部分行肾囊肿去顶减压手术。对于肾功能恶化的患者，可以行肾替代治疗。