临床上导致结肠炎的病原体多见于细菌，另外还有可能和病毒以及霉菌等病原体感染有关。不同的病原体感染，在药物选择方面需要使用不同种类的抗生素进行消炎治疗。如果确诊属于细菌感染，成年人多建议选择喹诺酮类的抗生素进行消炎治疗，常用的比如诺氟沙星、氧氟沙星等药物。婴幼儿多建议选择头孢类的抗生素进行消炎治疗，比如头孢克肟颗粒等；如果检查属于病毒感染，建议使用益生菌类药物和调理脾胃的中成药进行治疗；霉菌感染需要使用抗霉菌类的药物进行治疗。