肾结石如果不发生并发症，例如出血、感染、肾脏积水，不会发生疼痛。如果出现了出血、感染、肾脏积水，甚至在某些情况下肾脏结石出现移动，卡在输尿管，就有可能引起疼痛。这种疼痛最有可能的是肾脏区域出现疼痛，也就是腰部两侧，和剧烈的运动有明显的关系，有时候剧烈运动以后可以出现突然性疼痛、尿中带血或者体温升高。当肾区发生疼痛的时候，进行体检可以发现叩击痛。如果卡在输尿管上，有可能出现放射性疼痛。这种疼痛随着疼痛的加剧向腹部进行放射，尤其放射到腹股沟的部位，这是输尿管结石和肾结石疼痛的特征性表现。