甲钴胺是有副作用，甲钴胺可能会引起较为严重的过敏反应，会出现血压下降、呼吸困难。使用后应密切观察患者，如果出现症状应立即中止用药并采取适当的措施。口服甲钴胺可能会导致胃肠道不良反应，产生食欲缺乏、恶心、呕吐、腹泻，静脉注射给药后，会引起发热、头痛、出汗。极少数的患者会出现皮疹，口服甲钴胺时应在医生指导下进行服用，孕妇应该注意尽量不要服用，长期服用时应注意副反应，定期到医院进行检查肝功能和血象，避免产生毒性作用。