引起肛周脓肿的原因主要是肛腺感染，肛腺开口于肛窦，肛窦开口向上，粪便容易进入肛窦内引起肛窦和肛腺感染，感染向肛管直肠周围的间隙蔓延扩散，就会形成肛周脓肿。直肠内异物、干硬粪便通过直肠肛管时造成损伤，或者外伤导致感染，向深部组织扩散，划伤的肛管直肠粘膜而继发感染，从而形成肛周脓肿。肛门镜检查引起损伤，会阴、肛周手术感染，肛周毛囊炎等也能引起肛周脓肿。