治疗菌血症的药物，主要是根据引起菌血症的病原菌，采取相应的抗感染药物。例如，对于细菌感染导致的菌血症，常用的药物包括头孢类抗生素、青霉素类抗生素、喹诺酮类或者是氨基糖苷类的抗生素。对于金黄色葡萄球菌感染，所引起的菌血症，需要使用去甲氧万古霉素。如果是真菌感染导致的菌血症，需要使用抗真菌药物，主要包括氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑、两性霉素B等。菌血症除了使用抗感染药物之外，还需要积极地去除诱因，严密监测和维护器官功能，维持内环境的平衡，给予对症营养支持治疗。