石菖蒲具有化湿开胃、开窍豁痰、醒神益智的功效。临床上，主要用于治疗脘痞不饥、噤口下痢、神昏癫痫、健忘、耳聋等疾病。而且石菖蒲还具有非常重要的现代医学治疗作用，比如它具有镇静安神作用，可以治疗失眠症。因为它能够对于神经系统有抑制作用，能够镇静、安神、催眠，对精神病患者有一定的镇静和催眠作用。还具有祛痰湿的作用，对于痰热内扰引起的失眠症状，有显著的治疗作用。另外，还具有理气活血作用，对于身体出现的关节痛，可以通过石菖蒲进行治疗。它对于身体出现的风湿痹症、关节疼痛、跌打损伤引起的瘀肿疼痛，都有良好的治疗作用，可以通过局部外敷或者口服，都有良好的效果。还具有醒脾和胃作用，对于身体出现的湿困脾胃证，因为它能够具有促进消化液分泌、抑制胃肠的异常发酵，可以起到醒脾、和胃肠、助消化的作用。另外，它还能豁痰开窍，对于癫痫病，它能够化湿浊；对于痰湿蒙蔽、清阳不升而引起的神志不清、耳聋目眩、精神迟钝等，都有良好的治疗作用。