巧克力囊肿不一定需要做手术。得了巧克力囊肿是否需要做手术，需要根据患者的具体情况来定的。如果囊肿小，而且没有明显的疼痛感，使用药物控制得很好，不需要做手术。但是，需要定期的到医院做B超复查。如果囊肿已经超过了5公分，需要尽早地配合医生使用巧克力囊肿穿刺引流手术或者是开腹手术的方法来治疗。在治疗时要选择正规的三甲医院，还要配合经验丰富的医生来主导，可以减少手术的风险性。