五水头孢唑林钠在临床上的副作用并不是很高，也就是说应用头孢唑啉的不良反应发生率比较低。静脉注射发生的血栓性静脉炎和肌内注射区域疼痛比头孢塞分少而清；药疹发生率是1.1%左右；嗜酸性粒细胞增高的发生率是1.7%；单独以药物者为表现的过敏反应仅偶有报道。本品在实验动物当中可以产生肾小管损害；与氨基糖苷类抗生素合用是否能够增加后者的肾毒性尚不能肯定；临床上本品并没有肝损害的现象，但是个别病人可能会出现短暂性的血清氨基转移酶，碱性磷酸酶升高。