细菌性结肠炎可以口服抗菌药物治疗。此类药物具有杀菌的作用，比如常用的左氧氟沙星或诺氟沙星等，具有治疗肠道炎症，感染的作用。若病情严重的患者，还可配合激素一类的药物共同治疗，能有效增强药效控制结肠炎的症状，激素一类的药物是短期小剂量应用，不建议长期超剂量应用。在用药治疗中，还应注意控制饮食，才能控制病情的发展。若有细菌性结肠炎，在用药物治疗期间，拉肚子次数频繁时，可配合涩肠止泻的药物，蒙脱石散治疗，可以保护肠道黏膜，减少拉肚子次数。