阴茎根部里面出现隐隐作痛原因较多，常见的病因包括泌尿系感染、前列腺炎、膀胱结石、尿道结石等疾病。首先，应该考虑泌尿系感染，炎症细胞刺激阴茎引起疼痛不适。如果男性有不洁性生活，需要考虑淋球菌、解脲脲原体、解脲支原体等特殊的病原体导致的尿道特殊感染，主要通过性接触传播。症状上还会出现尿道口有黄色、脓性分泌物形成。其次，考虑前列腺炎的可能性比较大，因为前列腺和阴茎的根部是相连接的，所以前列腺有炎症、腺体弥漫性肿大也会刺激阴茎导致内部隐隐作痛，同时还会出现尿频、尿急、尿分叉等临床现象。最后，膀胱结石及尿道结石刺激尿道，引起阴茎隐隐作痛。及时上医院做前列腺液常规、小便常规和尿道分泌物、泌尿系彩超等方面的检查，有助于明确病情。