肛瘘伤口痛，如果还未进行手术治疗的，建议早做手术治疗。手术之前的疼痛，往往都是再次出现了感染的情况，所以通过药物等非手术的治疗方法，起不到根本性的治疗作用。推荐患者及早切除原发感染内口，以及肛瘘的管道部分。如果肛瘘的伤口疼痛是发生在手术之后，主要就是通过药物的对症治疗，特别是在手术以后的早期，伤口创口没有恢复，可能会出现较为敏感的疼痛。可以口服止疼的药物，比如醋氯芬酸钠，或者是使用一些止疼的药栓，肛管直肠内给药，比较常用的就是吲哚美辛。还可以通过中药的坐浴和泡洗，也可以起到良好的缓解伤口疼痛的作用。