引起大肠结肠炎的原因有很多，一般认为本病的发生与多种致病因素综合作用有关，包括免疫紊乱、环境因素以及遗传背景等，其中免疫紊乱可能是主要的原因。免疫异常是造成炎症和损伤的内在因素。一些肠道环境的变化也容易导致大肠结肠炎，肠道菌群整体或其产物在炎症性肠病的发病中起到重要的作用。遗传因素也是大肠结肠炎发生的一个因素，临床上发现5%-15%的患者的血缘亲属患有此病，遗传因素可能是大肠结肠炎发病的一个重要原因。