正常人咽部及扁桃体隐窝内存留着某些病原菌，当人体抵抗力降低时，病原菌大量繁殖，毒素破坏隐窝上皮，细菌侵入其实质而发生炎症。当受凉、潮湿、过度劳累、烟酒过度、有害气体刺激、上呼吸道有慢性病灶存在等均可诱发本病。扁挑体炎的主要治病菌是乙型溶血性链球菌、细菌和病毒混合感染者不少见，近年还发现有厌氧菌感染者。扁桃体炎的病原体可通过飞沫或直接接触而传染，通常呈散发性，偶有群体中爆发流行。