胃肠功能紊乱以缓解症状，防止复发，改善生活质量为主。总体上需要根据病因、疾病类型，采用综合治疗。例如:功能性消化不良，治疗宜改善生活习惯、根除幽门螺旋杆菌，可选抗酸药、促胃动力药。肠易激综合症，应该调整饮食，该病对药物的选择因人而异，应对症处理。根据腹泻、便秘或腹痛、腹胀表现，选择对症治疗药物。功能性便秘，可应用泻药、促胃动力药、微生物制剂、清洁灌肠、生物反馈治疗等治疗。常用的药物包括抗酸剂、促胃动力药、导泻药、止泻药、抗抑郁药、抗幽门螺旋感菌药等。