胃肠神经功能紊乱，主要是采用对症治疗，遵循综合治疗和个体化治疗的原则。有腹痛症状的患者可以选择PPI类药物和H2受体阻滞剂治疗，或者是选择抗胆碱能药物，如654-2、阿托品等，或者是胃肠道钙通道阻滞剂，如匹维溴安等缓解腹痛。如果有胃胀，恶心，呕吐的患者，可以选择促胃肠动力药，如多潘立酮，莫沙必利，伊托必利等治疗。有饱胀，早饱的患者可以选择助消化药，如复方消化酶，健胃消食口服液，复合维生素B等治疗。如果有腹泻的患者可以选择蒙脱石散，药用炭，洛哌丁胺，地芬诺酯等进行止泻治疗。如果有便秘的患者，可以选择乳果糖，番泻叶，大黄苏打片，甘露醇，蓖麻油，酚酞等。如果症状严重，并伴有抑郁，焦虑，失眠的患者可以选择抗抑郁药物治疗。肠道微生态制剂，如复方嗜酸乳杆菌，双歧杆菌，酪酸菌等，对腹痛，腹胀，腹泻的患者有一定的疗效。