肛门长水泡，并伴有疼痛，首先考虑的疾病就是痔疮伴血栓的形成。病人多在久坐，过食辛辣、刺激性食物，大便干燥的时候，会诱发急性血栓性痔疮的发生，肛门会出现明显的水泡，水泡肿胀，水泡中心可触及一个暗紫色的血栓，疼痛明显。急性血栓痔的治疗，首选的就是血栓剥除术，当然，很多人一提起手术，比较惧怕，也可以采用药物治疗，但是药物治疗效果缓慢，血栓的消除，一般得十几天。在用药期间，还要承受数天的肛门疼痛，影响日常生活和心情。所以如果是单发的较小的血栓痔，可以采用药物治疗，如果反复发作，数量比较多，症状比较重，疼痛难以承受，还是建议直接进行手术治疗。