制霉菌素片的副作用相对比较少，部分人会出现消化系统不适症状。制霉菌素片主要用于治疗消化道念珠菌感染疾病，由于药物主要是在局部发挥作用，并且药物的成分不会被肠道系统吸收，不会对人体造成副作用。由于药物不会进入到人体血液循环，无需肝脏的代谢，对于肝功能也不会造成损坏。有部分人在使用制霉菌素片时会出现大剂量使用现象，这时就会对消化系统黏膜造成一定的刺激。消化系统在受到刺激之后会出现痉挛、收缩，部分人会因此伴随有腹部疼痛、恶心、呕吐等表现，但是这些症状在药物停止后就会逐渐的消退。制霉菌素片在服用时口感比较差，所以有不少人比较难以接受。