引起肛门脓肿的原因有：一、肛窦炎、肛腺感染是主要原因。粪便摩擦会引起肛窦炎，炎症通过肛腺管至肛腺，引起肛腺感染，感染向肛周间隙扩散，形成相应间隙的脓肿。二、损伤感染。如痔感染、肛裂感染、会阴手术感染、直肠内异物等造成肛管直肠损伤，感染向深部扩散，形成肛周脓肿。三、全身性疾病。如糖尿病、结核病、白血病等全身疾病，通过血运继发肛周感染。