多发性肾囊肿的治疗因人因病情而异。1、对于小的肾囊肿，无症状时不需要做任何治疗，但要定期复查，看囊肿能否持续增大。无症状的患者应常常行尿液常规的检查，包括尿常规、尿培养，每半年至一年实行一次肾功能的检查，包括内生肌酐清除率。多发性肾囊肿治疗有穿刺治疗和保守治疗。肾囊肿穿刺治疗作用不大，容易感染，而且容易复发，不能延缓肾功能损坏的发生。2、当囊肿较大且有恶变可能时需要进行手术切除。