扁桃体发炎应该选择服用对症治疗的药物和病因治疗的药物是最好的。通常出现有体温超过38.5摄氏度以上时，可以使用退热剂，比如布洛芬、对乙酰氨基酚。还可以联合使用一些具有清热解毒抗炎功效的中成药，比如蓝芩口服液、蒲地蓝消炎口服液、抗病毒口服液、柴银口服液、双黄连口服液、清开灵颗粒。对于细菌感染可以选择抗生素，比如青霉素类、头孢菌素类、大环内酯类或者喹诺酮类等药物。针对于病毒感染，可以选择抗病毒的药物，比如利巴韦林、奥司他韦以及转移因子等，能够缓解症状，促进康复。