尿道炎要根据引起尿道炎的病原微生物，选择不同的药物。不同的病原微生物可能对不同的药物敏感性更好。尿道炎往往需要进行微生物的培养以及药敏的实验，针对药敏实验的结果，针对不同的病原微生物，选择不同的敏感的抗生素。经验性的用药，像喹诺酮类以及头孢类的抗生素，对引起尿道炎比较常见的病原微生物，效果都是比较好的。尿道炎的病人往往是经验性的使用喹诺酮类或者头孢类的抗生素进行治疗。如果效果不好，再选用药敏试验的敏感药物治疗。