内膜异位症的治疗要结合患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求等选择个体化的治疗方法。主要包括期待治疗、药物治疗、手术治疗和联合治疗等。症状轻或没有症状的轻微病变可选择期待治疗，不采取任何治疗措施，观察疾病的发展状况。有生育要求的轻度患者，在明确诊断后可先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术。年轻没有生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗。症状及病变均严重、且无生育要求的患者，可行子宫和双附件切除以及病灶清除手术。