深呼吸时肝区疼痛，可能是胆系感染或者胆石症造成的，建议到正规医院明确诊断，及时治疗。导致肝区疼痛，最常见的疾病为胆系结石和胆系感染。当结石较小或者炎症较轻时，临床无明显的症状。当深吸气时，双肺充气，胸腔压力增大，导致膈肌下移，从而造成腹腔压力增大，会刺激胆系结石摩擦胆管壁或者刺激炎症部位，引起肝区疼痛。当呼出气体时，膈肌上移，腹腔压力减小，腹痛减轻。因此，建议到正规的医院，行肝胆彩超检查，明确诊断，及时治疗。