治疗的目的是治疗基础疾病和促进意识恢复，早期治疗远比已经进入昏迷效果要好。第一，及早识别并纠正其去除诱因，大多数的肝性脑病是有诱因一定要找到并且祛除，例如控制消化道的出血或清理肠道的积血，预防和纠正电解质紊乱，酸碱平衡失调，积极控制感染，慎用和禁用镇静药。如患者出现躁狂用异丙嗪等抗组胺药代替，因为镇静药对肝性脑病是加重。没有睡眠，节律紊乱可以在睡前口服褪黑素也纠正其生物钟紊乱，注意防治顽固型便秘。第二，营养支持，肝硬化患者存在着营养不良，长时间限制蛋白质，饮食会加重营养不良的严重程度，且负氮平衡会增加可能使血氨升高。急性期患者禁蛋白饮食，给予葡萄糖保证功能，昏迷不能进食者可以鼻饲供食。第三，慢性肝性脑病患者无进食必要，蛋白质摄入量是1.5克每千克每天，口服或静脉使用支链氨基酸可调整为3A。第四，植物和奶制品蛋白优于动物蛋白，植物蛋白比较少，能增加非吸收性纤维含量，从而增加粪便细菌对氮的结合，减少肠道毒物的生成和吸收，可以清洁肠道。例如，应用乳果糖或生理盐水弱酸液灌肠，一方面可以排除积血，还可保持酸性的环境，不利于氨的吸收，也可以应用乳果糖口服，其他还有抗生素治疗。