艾司奥美拉唑肠溶胶囊的常见副作用包括头痛，腹泻皮疹，同时还包括有瘙痒，疲乏以及便秘，恶心，呕吐，胃肠胀气，腹痛，关节痛等等。同时部分的患者还可以出现肝功能的异常，表现为转氨酶的轻度增高以及胆红素的轻度增高。但是如果停用了艾司奥美拉唑镁肠溶胶囊，则肝功能的损害可以很快的得到恢复。如果患者在还没有吃药之前就出现有黑便，呕吐等等症状，建议先完善胃镜等等检查，以避免因为以上症状掩盖患者的病情。