导致肾囊肿的原因有以下几种：一、基因突变。在胚胎逐步发育的过程当中，可能会受到各种因素影响，使基因出现突变，从而出现肾囊肿；二、感染。如果胃肠道感染、呼吸道感染、尿路感染等都会对肾脏造成损伤，可能会引起肾囊肿；三、毒素。如果在日常经常接触化学制剂，农药可能会导致肾囊肿；四、饮食。长期饮食不当，饮食不规律、吸烟、喝酒都有可能会引发肾囊肿。如果肾囊肿较小，一般不做任何处理，继续观察，如果囊肿较大，应考虑进行手术治疗。