目前在临床上对于肛窦炎的治疗，主要是建议采取药物保守治疗。因为肛窦炎它主要是引起患者出现肛门坠胀，以及少量的黏液性分泌物，一般可以选择甲硝唑注射液保留灌肠，或者是清热解毒的中药进行保留灌肠，再配合普济痔疮栓或者是九华痔疮栓等药物内塞。严重的话是可以适当的口服一些头孢类，或者是阿莫西林类的消炎药进行抗感染治疗。而且一定要注意饮食清淡，保持大便通畅，才能避免炎症进一步感染加重。但是如果肛窦炎已经引起了肛乳头肥大或者是肛门脓肿，那么这种情况下，则建议尽早的采取肛窦切开引流术，或者是肛周脓肿一次性根治术进行治疗。