扁桃体炎一般使用的药物是病因和对症治疗，选择针对于病因治疗，主要是针对于如果是化脓性细菌感染所引起，选择敏感的抗生素，比如青霉素、头孢菌素类药物、大环内酯类药物以及喹诺酮类药物。有些患者还可以联合使用抗厌氧菌的药物，能够对抗存在的厌氧菌。另外针对于体温持续升高的症状，一般选择清热解毒的药物，比如小柴胡颗粒，柴桂退热口服溶液、清开灵颗粒等，针对于病毒感染所引起，可以选择使用利巴韦林、奥司他韦等，如果体温高达38.5摄氏度以上时，可以选择使用退热剂，比如布洛芬，对乙酰氨基酚等。