肛门上部疼痛一般来说也就是指的肛门里面疼痛，它的原因要考虑到以下几点：第一，黏膜下脓肿可能，黏膜下脓肿属于肛周脓肿的一个特殊类型，典型症状就是黏膜部位的炎性疼痛，有时候还会引起破溃流脓。第二，肛裂，特别是上面部位的肛裂，也就是说裂口靠近齿状线，会引起疼痛以及便血。第三，肛窦炎，肛窦炎也就是肛窦部位的炎性感染，在频繁腹泻或者大便比较干结时容易发生，典型症状就是肛门内部的疼痛以及瘙痒。