肠胃功能紊乱并没有特效药，治疗主要是积极寻找并去除触发因素和对症治疗，强调综合治疗和个体化治疗的原则。患者要建立良好的生活习惯，饮食上避免诱发症状的食物，因各人而异，一般宜避免进食产气的食物，如乳制品，大豆等，高纤维食物有助改善便秘。抗胆碱能药物可作为症状重的腹痛的短期对症治疗，包括阿托品、654-2等。匹维溴铵为选择性作用于胃肠道平滑肌的钙通道阻滞剂，对腹痛、腹泻有一定的疗效。洛哌丁胺或复方地芬诺脂止泻效果好，适用于腹泻症状较重者，但不宜长期使用。一般的腹泻宜使用吸附止泻药，如思密达，药用炭等。便秘患者可使用促胃肠动力药，如多潘立酮，莫沙必利，伊托必利等，还可以选择一些泻药，如乳果糖，硫酸镁，甘露醇，蓖麻油，酚肽，番泻叶，大黄苏打片等。益生菌，如复方嗜酸杆菌，双歧杆菌，乳酸杆菌，酪酸菌等，可纠正肠道菌群失调，对腹泻、腹胀有效。如果腹痛，腹泻症状重，而上述治疗无效且精神症状明显者可试用抗抑郁药治疗。