在临床上治疗肛窦炎，主要是选择普济痔疮栓或者是九华痔疮栓，以及酸氯酚酸钠酸等药物进行肛门内塞，可以起到很好的消炎止痛的作用。同时再配合甲硝唑注射液或者是清热解毒的中药，进行保留灌肠。同时建议患者保持大便通畅，必要的话可以吃一些润肠通便的药物。如果感染比较严重的话，还需要口服头孢类或者是青霉素类的消炎药进行治疗。但是如果肛窦炎在用药治疗之后，并没有得到明显的改善，甚至引起局部红肿疼痛。那么这种情况下，则建议尽早的采取手术治疗。因为很容易诱发肛周脓肿，那么可以选择肛窦切开引流术进行治疗。