藿香正气水不能与很多药物配伍，其中包括头孢类抗生素、喹诺酮类抗生素以及咪唑类抗生素，甚至也包括一些具有清热凉血功效的中成药。藿香正气水，主要成分中含有少量的酒精，也就是乙醇，可能会与含特殊化学键的药物发生双硫仑样反应，所以在使用头孢、甲硝唑以及左氧氟沙星等药物治疗的期间以及停药后一周内都不可以服用藿香正气水。藿香正气水作为一种中成药，主要作用在于解表化湿以及和中，所以常用于治疗风寒感冒引起的各种不适。同时服用具有清热或者凉血的中成药会加重风寒感冒的症状，而影响藿香正气水的治疗效果。藿香正气水服用时应在医生指导下应用。