体内的真菌感染主要是由于个体免疫力下降、继发性感染引起的。因为真菌感染分为浅表的感染和深部的感染，而体内真菌感染，一般指的是深部真菌感染。深部的真菌感染比较常见的有曲霉菌、念珠菌，这些真菌本身就大量的存在生活环境当中，以及部分本身就存在于人体当中。当免疫力下降的时候，就会引起真菌的大量复制，就会引起感染。