头部囊肿的治疗，主要是根据囊肿的性质及囊肿所生长的部位，决定相应的治疗方案，比如对于蛛网膜囊肿，是一种先天性疾病，对于大多数患者不需要特殊处理，定期随访观察即可。如果囊肿较大，而且是发生在儿童中，建议需要早期进行手术治疗。因为随着年龄的增长，囊肿有可能会逐渐增大，逐渐增大有可能会对患者的智力造成影响。对于儿童蛛网膜囊肿，如果引起临床症状，需要早期进行手术治疗。对于胶样囊肿的治疗，最佳方法虽然存在争议，但是，主张早期提倡分流手术。对于其它囊肿，如果囊肿的位置长在重要的解剖结构，比如导水管附近或者小脑、脑干等部位，也需要考虑早期进行手术治疗。