肛瘘一般难以自愈，肛瘘有间歇期和发作期。间歇期一般没有任何症状，发作期会出现疼痛、流脓等症状，内服外敷药物可以缓解症状。这时候可能错误的认为得到了根治，其实是炎症被控制住，瘘口堵塞或关闭、流脓减少或消失，进入间歇期，待下一次细菌入侵、局部炎症、损伤、肠道原有疾病发作等因素，出现进入发作期，如此反复。手术相对是比较彻底的治疗方式，目前我国肛瘘手术方式有十多种，具体的手术方式需进行详细的肛门检查以及影像学检查，根据具体情况选择合适的手术方式。