脑囊虫病的治疗以对症治疗、驱虫治疗以及手术治疗为主。在对症治疗方面，首先建议患者去除致病诱因，加强食物卫生工作，避免进食生食半熟食。同时根据患者所表现出症状进行治疗，如合并脑水肿，可给予甘露醇脱水降颅压治疗。在驱虫治疗方面，一般可在医生指导下选择吡喹酮、阿苯达唑等广谱抗蠕虫药物治疗。如患者一般治疗无效，可选择进行手术治疗，其手术方式常见于颞肌下减压术、脑室-腹腔分流术、囊虫摘除术等。