新生儿睡觉咳嗽的原因有：1、受凉引起的。如果在睡觉期间，父母没有注意做好宝宝局部保暖工作，就有可能因为受凉引发咳嗽。2、不当睡姿引起的。如果在睡觉期间姿势不当，有可能会导致气道呼吸出现不顺畅，就会有咳嗽症状产生。3、病理性原因引起的。如果气管或者支气管等部位受到病原体入侵，也是有可能会引发咳嗽的，而且咳嗽症状通常是比较剧烈的。如果咳嗽是偶尔出现的，而且宝宝精神状况方面也没有太大异常，可以先做观察。